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本朝的军人长期处于文官的压制之下，即使是一位卓越的高级将领也无法展布其统筹全局的能力。他们的部属在各自的防区内同时接受知府、知县等地方官的指挥，而且不让他们经手供应给养。于是这些武将们唯一所能做到的事就是带领士兵亲身参与战斗。虽说得到谭纶的一力支持，因袭的各种成例也不断给戚继光增加棘手的问题。即以他的官职来说，在调任之初准备授他为“总理蓟州军务”。以一介武夫而总揽全区部队的指挥调度之权，当然会大于物议。
北方的边镇和南方的军区情况截然不同，其威胁来自边外的游牧民族。每当天时亢旱，蒙古的骑兵部队就会按照他们的成例犯边掠夺。他们的军事特点在于流动性和迅疾猛烈的冲击力量。在集中来犯的时候，一次可以动员10万名骑兵，当时俺答曾经把各部落联成一个大同盟，东西连亘2000里，使官军束手无策。
蓟州为华北九镇之一，防区为北京东北一带，按照规定的编制应有士兵8万人，战马22000匹。但是实际上并没有人能够确切知道现存的数字。在役的士兵，有的属于本镇所属卫所的“主兵”，也有从其他地方调来的“客兵”。后者的调防虽然带有永久性，但供应的义务却仍属原来的地区。还有一部分从内地卫所调来的士兵，他们的服役期只限于蒙古人犯边可能性最大的几个月。实际上他们也很少亲身服役，只要缴纳一定的银两可以雇人替代，而所缴的银数又和雇代实际所需的饷银不同。总而言之，全镇的人员和粮饷从不同的来源和以不同的方法获得，有的还只在账本上存在。这样，不仅他们的数量难以弄清，他们的质量也是一个疑问号。
这种松散的组织和军需上的缺乏统一，看来不全是出于无意识的安排。一个办事效率极高的将领常常会以自己的意见作为各种问题的总答案，用我们古人的话来说，就是跋扈专擅；而这样一个将领手握重兵在京畿据守，也常常造成一个朝代的终结。所以戚继光改进武备的一切努力，都必然遇到重重的阻碍，其中的绝大部分来自文官集团的意志，而这种意志又有历史传统的成例作为背景。
但是很幸运，谭纶和戚继光的意图受到一位中枢重臣的赏识。此人就是张居正。
张居正在戚继光北调的前几个月才出任内阁大学士，之后还要经过一番周折，才成了本朝第一位政治家。然而他在入阁之初就有重整军备的雄心，蓟州是最能吸引他注意力的一个军区。戚继光莅任不久，就发觉他自己只需要专心于军备而不必参与政治。因为凡是应当安排的事，都已经由总督和大学士安排妥帖；如果事情连他们都无法安排，当然也不必多费唇舌。
以大学士的身分，张居正不仅没有权力公然颁发指令，甚至不能公开讨论制度的改组。他所采用的方式是用私人函件授意亲信如此如此地向皇帝提出建议。这些建议送到内阁票拟，他就得以名正言顺地代替皇帝作出同意的批复。他进入文渊阁以后的第一个皇帝是一个昏庸的君主，对国事既不理解也不关心；第二个皇帝则是小孩子和他的学生。环境和才能加在一起，造成了张居正的权威。但是他还是需要小心从事。帝国的官僚政治已经发展到登峰造极，成千成万的官僚，在维护成宪的名义下保持各方面的平衡，掩盖自己不可告人的私利。要公然宣布改组军事制度，就等于邀请别人对自己攻击。因此张居正不得不采取这种迂回的方式。反正皇帝站在他这一边，不论别人是否识破真相，只要举不出违背成宪的理由，则公开的攻讦和私下的流言都可以不在话下。