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这种积弊的根源在于财政的安排。在开国之初，政府厘定各种制度，其依据的原则是“四书”上的教条，认为官员们应当过简单朴素的生活是万古不磨的真理。从这种观念出发而组成的文官集团，是一个庞大无比的组织，在中央控制下既没有重点，也没有弹性，更谈不上具有随着形势发展而作调整的能力。各种技术力量，诸如交通通讯、分析统计、调查研究、控制金融、发展生产等等则更为缺乏。一个必然的后果，即政府对民间的经济发展或衰退，往往感到隔膜，因之税收和预算不能随之而增加或减缩。
财政上死板、混乱与缺乏控制，给予官员的俸禄又微薄到不合实际，官员们要求取得额外收入也就是不可避免的了。上面说过的地方官的“常例”是一种普遍的不成文制度。亦即在规定的税额以外抽取附加税：征收白银，每两附加几分几厘，称为“火耗”；征收实物，也要加征几匹几斗，称为“耗米”、“样绢”。除此之外，一个地方官例如县令，其家中的生活费用、招待客人的酒食、馈送上司的礼物，也都在地方上摊派。对这种似合法非合法的收入，中央听之任之而又不公开承认。在各地区之间，这种收入则漫无标准，因为一个富裕的县分，税收上稍加几分，县令就可以宦囊充裕，而一个贫穷的县分要征收同样的数字，则已是极为暴虐的苛政了。这些情形使得所谓操守变成毫无实际意义。
更难于判断的是京官的操守。他们没有征收常例的机会，而全靠各省地方官以礼仪为名所赠送的津贴。银两源源不断地流入北京，尤其是在考核地方官的那一年为数更多，这就无怪乎那位独立特行的海瑞要称这种年头为京官的“收租”之年了。考核者既然接受了被考核者的津贴，还哪里谈得上一切秉公办理呢？
财政上的情况既是如此，在文官体制上，普遍使人感到困难的是各级地方官都没有实际力量足以应付环境的变化。他们没有完全驾驭下级的能力，因为各人自抽“常例”，即下级也拥有财政权；人事权则集中于北京，对下级的升降奖罚，上级只能建议而无法直接处理。
体制上有欠周全，文官集团更需要用精神力量来补助组织之上的不足。这有本朝的历史记载为证。那些孔孟的信徒，在一旦需要的时候，可以不惜牺牲以完成任务。有的文官从来没有受过军事训练，却可以领导仓猝集合的民兵固守孤城，最后杀身成仁；有的文官不顾溽暑疫疾，和民夫同饮食、共起居，在洪水的威胁下抢救危险的河堤。这些好处当然不应抹杀，然则它们带有冲动性质，也多个人成分，而且常常和紧急情况一起出现。一个具有高度行政效率的政府，具备体制上技术上的周密，则不致接二连三地在紧急情况下依赖于道德观念作救命的符塞。说得严重一点，后者已不是一种好现象，而是组织机构违反时代，不能在复杂的社会中推陈出新的结果。
这种局面不打破，文官的双重性格发展得越来越明显，这也是精神与物质的分离。一方面，这些熟读经史的人以仁义道德相标榜，以发挥治国平天下的抱负为国家服务，以自我牺牲自诩；一方面，体制上又存在那么多的罅隙，给这些人以那么强烈的引诱。阴与阳的距离越来越远，找出一个大家都同意的折衷办法也越来越困难。
以张居正的精明干练，他没有能解决这个问题。他的十年首辅生涯，仅仅刚把问题看清楚。他的一套改革办法使文官们感受到极大的压力而不能成功，而且招致了死后的被清算。申时行不得不把目标降低。他所说的“使不肖者犹知忌惮，而贤者有所依归”，就表现了他调和这阴阳两极的方针。他无意于鼓励不法，但也不能对操守过于认真。1587年京察之放宽尺度就是这种宗旨的具体说明。在他看来，嫂子已经掉进水里，决不能再像平常一样保持远距离的尊敬，而需要“援之以手”了。
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